Automatisez l’import de vos FASTQ et le lancement des analyses

Afin de ne plus perdre de temps, nous vous proposons d’automatiser le transfert et le lancement de vos analyses dès que votre séquençage est terminé via le module SeqOne Runner (en option).

SeqOne Newsletter Juin 2019

Afin d’accélérer la vitesse de rendu des interprétations génétiques et limiter les erreurs de manipulations de fichier, nous vous proposons le module SeqOne Runner qui permet d’automatiser le transfert de données depuis la sortie du séquenceur vers SeqOne et de déclencher automatiquement les analyses.

Ce nouveau module est disponible en option uniquement, merci de prendre contact avec le service commercial pour obtenir un devis. Une phase de calibration est à prévoir pendant la mise en place du SeqOne runner.

Comment ça marche ?

Une fois installé et configuré sur vos serveurs, le module SeqOne runner récupère les données FASTQ placées sur un disque partagé ainsi que la SampleSheet illumina. Il s’occupe ensuite de réaliser :

• L’upload (téléversement) des données FASTQ vers SeqOne
• La création des projets et des échantillons
• Le lancement des analyses.

Ainsi dès que votre run illumina se termine, le transfert et les analyses sont déclenchés automatiquement. Vous arrivez le matin sur SeqOne, prêts à interpréter vos données!

Quelques limitations

• Le lancement des analyses est aujourd’hui limité aux worksets GermlineVar, SomaVar et CNVCapture.
• Pas de gestion du format BCL (uniquement FASTQ).

Spécifications techniques

Machine (VM) Linux avec Docker (accès root) et port ouvert vers SeqOne. Minimum 4CPU et 8 Go de RAM.