Get actionable insights from your tumor samples with TheraOne

By deploying the new TheraOne view, SeqOne sets the objective of accelerating the identification and provision of a treatment adapted to each patient according to the genomic profile of their tumor.

TheraOne will support you in identifying actionable biomarkers from  both DNA and RNA analyses in order to offer a personalized therapeutic solution to your patients.

December 2021 Newsletter

Introduction

The comprehensive characterization of a tumor’s unique genomic landscape is a challenging undertaking that is made accessible by providing the right bioinformatic tools. However improving patient outcomes doesn’t end with the sole detection of mutations and other genomic events. A greater challenge lies in evaluating the real contribution of each genetic variant to a patient’s cancer, and their clinical implications.

Too often, it is still up to oncologists and pathologists to search through various resources in order to identify treatments that would fit the unique genomic profile of a patient’s tumor.  

With TheraOne, we address this issue and aim at establishing a cartography of potentially actionable genomic events for each patient according to their type of cancer, in order to identify a personalized treatment strategy, or to direct them towards relevant clinical trials.

This new module takes advantage of SeqOne’s powerful bioinformatic pipelines for both DNA and RNA assays, and aggregates all their outputs into a single patient-centric dashboard to quickly identify actionable biomarkers.

Patients and samples

TheraOne opens a new ‘Patients’ section on the SeqOne dashboard, that lists all patients available on the account.

Simply put, a patient can be seen as a collection of samples and their associated analyses on SeqOne. One or more samples, of the same or different nature (DNA, RNA) can thus be associated with the same patient, and the variants originating from the different somatic pipelines (SomaVar, SomaCNVCapture, SomaMSI, SomaRNA) will be accessible from this view.

A new patient can be created:

  • When uploading a new sample to the platform,
  • From the “Create Patient” icon in the upper right corner of the user dashboard.

All variants relevant to the patient’s cancer type

The new Cancer ROI viewer groups together the variants detected through the various analyses carried out on the samples attached to the patient: variants, CNVs, fusions and splices. It lists the associations that exist between specific genomic regions and each type of variant (SNV, CNV, fusions or splices) on the one hand, and the patient’s cancer type on the other hand.

This association is based on a database, built in particular from the COSMIC gene census and COSMIC mutation census. 

SeqOne Cancer ROI database

The SeqOne Cancer ROI DB identifies cancer genes/exons/codons for which a cancer driver mutation is known for the patient disease.

For each gene, the mutation type (point mutations, deletion, amplification, fusions or splice) and cancer function (tumor suppressor or oncogene) is identified using the COSMIC gene census and a manually curated internal database.

– For tumor suppressor genes, all exons are added to the database. 
– For oncogenes, all exons with a tier 1 to 3 mutation from COSMIC mutation, and codons with a tier 1 mutation are added.

Additional predictive biomarkers

Both microsatellite instability (MSI) and tumor mutational burden (TMB), used as predictive biomarkers for immunotherapy in cancer treatment, can be visualized from the Signature tab. 

MSI

Microsatellite status is assessed in a cohort-based fashion. Not only looking at a set of predefined regions, our tool identifies any microsatellite region within the targeted genomic regions in order to increase the resolution of the assay, and generates a panel of controls from the sample cohort directly in order to identify unstable microsatellites.

For more information on the SomaMSI workset, you can read our dedicated blog post.

TMB

When performing a SomaVar analysis on a large panel, missense somatic mutations are used in order to compute a Mut/Mb score for each tumoral sample. This raw score is further interpreted based on an organ specific regression model built from the TCGA (The Cancer Genome Atlas) exome dataset.

Prioritized actionable information 

TheraOne matches the genomic profile of your patient’s tumor with actionable information on available drugs and ongoing clinical trials.

Through the Actionability tab, you can access:

  • a list of prioritized FDA-approved treatments for which actionable variants have been identified in the patient. Each variant – drug association in this list comes with their respective AMP/ASCO classification, type of response and specificity.
  • Phase I to IV clinical trials matching the tumor’s genomic profile, with ongoing recruitment near the user’s geographic location.

Reporting

A comprehensive report can be generated and exported in both an editable or a pdf format, including:

  • Patient and sample metadata,
  • Identified genomic alterations and biomarkers,
  • Actionability and available FDA approved drugs,
  • Recruiting clinical trials in the user’s geographic area.

How to get access to TheraOne on SeqOne?

If you are interested in this new module, contact our Customer Support service at support@seqone.com.

Analysis of microsatellite instability (MSI) in a somatic context

A workset dedicated to the analysis of microsatellite instability (MSI) in a somatic context is now available for DNA panels.

December 2021 Newsletter

Introduction

A microsatellite region is a genomic region consisting of 5 to 50 repetitions of nucleotide motifs of 1 to 6 base pairs. These regions exist at multiple loci throughout the genome [1].

Microsatellite instability (MSI) encompasses alterations of length of repeated sequences that sometimes occur in tumours. MSI occurs as a consequence of genomic instability in tumor cells with reduced ability to accurately replicate their DNA.

MSI is a frequent marker of functional inactivation of DNA mismatch repair (MMR) genes, namely MLH1, MSH2, MSH6, PMS1 and PMS2. DNA mismatch repair enzymes usually remove single or multiple misincorporated bases resulting from random errors during DNA replication or recombination. Thus functional loss of mismatch repair may lead to microsatellite instability. MSI is mostly observed in colorectal, gastric and endometrial cancer, and more generally in many types of cancer [2]. Knowing the microsatellite status of a cancer type may help choosing the most appropriate treatment.

SeqOne now offers a tool dedicated to analyze microsatellite regions in order to determine the MSI or MSS (microsatellite stable) status of a tumour sample. 

How does it work ?

The stable or unstable status of microsatellite regions of a tumoral sample requires two preliminary steps:

  • identifying microsatellite regions sequenced in the sample
  • determine the ‘normal’ microsatellite status

To this aim, regions covered by the manifest are first scanned to identify microsatellite regions.

Then a reference sample is generated based on cohort samples estimated as negative controls. Since the MSI status of cohort samples is unknown, the estimation is based on the calculation of deletion rate observed in microsatellite regions: half of the samples from the cohort with the lowest rate are selected to generate a reference sample; each sample contributes with a fraction of their microsatellite sequences.

Each tumoral sample is then compared to the reference sample using msisensor [3]. A score corresponding to the percentage of the microsatellite regions exhibiting instability is calculated.

Based on this score, the MSI or MSS status of each sample is determined in comparison to a threshold calculated from the distribution of cohort samples. If all samples of the run have a MSS status, the threshold will be set at 10 to avoid generating false positives.

Using SomaMSI on SeqOne

SomaMSI is a fully-fledged workset of analysis available for analyzing gene panel data. 

Like SomaCNVCapture, SomaMSI is a cohort-based analysis.

Once the analysis is completed, results for each sample are accessible within the SomaMSI analysis interface under the ‘Results’ tab, divided into two parts :

  • A graphical representation displays the MSI score of each sample. The threshold determined for the cohort of samples delimits two zones on the graph, respectively for samples considered as MSI and MSS.
  • Details about scores and status assigned to each sample are displayed in the right panel:

Compatibility

The SomaMSI analysis workset is compatible with data including UMIs if the configuration was specified when creating the project.

In the case of UMI data, only “standard” and “disabled UMI” configurations will be available at the start of the analysis.

References

[1] Schlötterer C, Harr B (March 2004). Microsatellite Instability

[2] Boland CR, Goel A. Microsatellite instability in colorectal cancer. Gastroenterology. 2010; 138 (6): 2073-2087.e3. doi: 10.1053 / j.gastro.2009.12.064

[3] Niu B, Ye K, Zhang Q, Lu C, Xie M, McLellan MD, Wendl MC, Ding L. MSIsensor: microsatellite instability detection using paired tumor-normal sequence data . Bioinformatics. 2014 Apr 1; ​​30 (7): 1015-6. doi: 10.1093 / bioinformatics / btt755. Epub 2013 Dec 25. PMID: 24371154; PMCID: PMC3967115.

CNV analysis for exome data

CNV detection is now available for exome data! Perform faster analyses by integrating the detection of CNVs to your exome sequencing workflow, whether you are analyzing clinical exomes or whole exomes. 

The CNVExome module has been validated for diagnostic routine by several laboratories and provides a solid alternative to cytogenetic standards (CGH array, karyotype, MLPA).

December 2021 Newsletter

Background

Copy number variations (CNVs), whether they are duplications or deletions, altering the diploid state of DNA, are a source of significant variability in the human genome.

These alterations, like point mutations, may have no phenotypic consequences for their carrier, nonetheless they may drive the acquisition of adaptive traits or be responsible for diseases. Thus clinically relevant CNVs may be identified in patients with intellectual disability (ID) and other neurodevelopmental disorders.

Analysis of CNVs has become popular with the emergence of DNA microarray, in particular microarray-based comparative genomic hybridization (array CGH or aCGH), which offers a finer resolution than karyotype analysis limited to large rearrangements. However, cytogenetic techniques do not allow the detection of short variations (i.e. SNV, indels) which relies mainly on next generation sequencing (NGS).

As molecular biology techniques enable the detection of CNVs, we undertook to develop a NGS-based alternative to array CGH with the aim of unifying approaches by proposing a joint analysis for SNV and CNV for exome data. This combined approach makes some diagnoses easier, notably in cases of recessive pathologies involving CNV and SNV at the same locus.

Type of CNVs detected by CNVExome

CNVExome module allows both the detection of:

  • large intra- or intergenic rearrangements spanning tens to hundreds of kilobases
  • small intragenic events involving one or several exons

Analysis and interpretation

A board for CNV interpretation is available within GermlineVar and GermlineFamily analysis interfaces through the tab CNVs if the CNVExome analysis was performed. The board is divided in two parts:

1. On the left, a table displaying newly identified CNVs with the possibility to filter results based on size and sample frequency or to select those belonging to OMIM morbid genes.

2. On the right, a detailed panel is available for each CNV and comprises 4 tabs :

CNV summary. This first tab encloses information and annotations regarding the selected CNV, namely :

  • clinical regions and genes included within the interval affected by the CNV
  • overlaps between the CNV and DGV database [http://dgv.tcag.ca/dgv/app/home
  • short variants (SNV, indels) identified by GermlineVar within the same region
  • a section dedicated to the Variant Knowledge Base (VKB) displaying validated VKB entries sharing more than 95% identity with the selected CNV and their corresponding evaluation

A summary of those elements is available as metrics at the top of the page :

Evaluations. Similarly to variants detected by GermlineVar, SeqOne users can define the pathogenicity class of each CNV and edit notes and interpretations within the comment section. New evaluations will contribute to enrich the personal knowledge base of the laboratory.

Genome browser. The tab allows you to visualize the selected CNV in the IGV genome browser. To check the stability of the signal, up to 5 additional samples can be displayed in addition to the sample being analyzed.

UCSC. An external link towards UCSC genome browser allows you to visualize the genomic region of the CNV. The link opens a new page or tab in your web browser and integrates the user’s personal settings offering therefore a personalized view.

In addition to alignment files, several files can be downloaded :

  • the result of CNV analysis as tabular file
  • the ploidy for each chromosome
  • the predicted number of copies for each exon of the manifest

Setting up a CNV model

Like pipelines for CNV analysis on panel data, the identification of CNVs from exome is based on the analysis of the depth of coverage.

The approach, widely accepted in the scientific community, is based on the assumption that the number of reads covering a region is directly proportional to the number of copies of the locus within the sample. This approach, relatively simple to apply to gene panel data, is especially tricky for exome data. Indeed, the depth of sequencing on each region is very variable and influenced by several factors such as the initial amount of DNA, the complexity of the sample, the GC content of sequences, the efficiency of capture and sequencing, and the alignment.

Thus CNVExome is an individual analysis as each sample is compared to a model computed by SeqOne.

In order to take into account technical variations in sample preparation, we build this model from a large cohort, based on fifty to hundreds of samples sequenced by the laboratory by using :

  • the same protocol for library preparation
  • the same capture kit
  • the same sequencing platform

These requirements and the variable number of samples required to set up a model are justified by the need of a homogeneous cohort regarding the coverage. Therefore several factors must be considered such as the depth of sequencing, the degree of variability within the cohort as well as the reproducibility of protocols for sample preparation.

How to get CNVExome?

Get in touch with SeqOne Customer Support at support@seqone.com to find out about the procedures for setting up CNVExome on your entity.

SeqOne expands its commercial presence in Middle Eastern markets

Genomics analysis becomes more accessible in MENA region: a new era for genetic diagnostics

Montpellier – November 16th 2021. SeqOne Genomics, a leader in the field of next generation genomics analysis, announces today a distribution partnership with Global Diagnostic Solutions Ltd (GDS) to commercialize SeqOne’s revolutionary genomics analysis software platform in Middle Eastern markets.

Under the terms of this agreement, Global Diagnostic Solutions Ltd. will be responsible for the Business Development, Technical & Logistics Support of SeqOne’s genomic analysis platform in the Middle-East North Africa (MENA) Region: Egypt, Turkey, Bahrain, the Kingdom of Saudi Arabia, Algeria, Tunisia, Morocco and Oman & UAE.

« GDS is a natural partner of choice since we share the same vision of tomorrow’s personalized medicine technologies. We believe that patients in the MENA region deserve to have access to the best innovations and services in the field of genomics analysis. SeqOne Genomics aims to improve healthcare standards with its unique platform, technical excellence and best in class customer support. SeqOne Genomics will shine up among GDS’ comprehensive portfolio, enabling hospital and private labs to have access and to easily deploy among their services a complete solution for state-of-the-art genomic tests»

Myriam Guiral – SeqOne’s Chief Commercial Officer

« In GDS, we believe that there is still a long way to go to overcome all the challenges to make genomic testing accessible to all, including supporting patients through the transition to the new era of diagnosis and treatment in the field of rare diseases and oncology. Thanks to SeqOne’s expertise and ours, we will be able to successfully overcome all the challenges and seamlessly support the client and his patients on this transition»

Dr. Mohamed Ramadan – co-founder of GDS

About SeqOne Genomics

A company focused on developing state-of-the-art genomic analysis tools for clinical applications in the field of rare and hereditary diseases and oncology.

About Global Diagnostic Solution Ltd.

About Global diagnostic solutions Ltd.: a company with the objective of representing tomorrow’s Molecular Genetics. Mapping all healthcare services present in the field of personalized medicine and bioinformatics diagnostics tools we choose the best diagnostic European leaders, we bring them through the MENA Region, we communicate their technology leading the genomic transformation.

This collaboration begins today, GDS welcomes any customer inquiries via its local offices, its website (https://gds-eg.com) or by email: info@gds-eg.com.

MEDICINE DE PRECISION – ANALYSE DE DONNEES GENOMIQUE ET IA

Le GCS Ccconcorde (3c) et SeqOne Genomics s’allient pour améliorer la prise en charge des patients atteints de cancer grâce à une meilleure utilisation de la génomique pour une  Médecine personnalisée

La collaboration vise à optimiser l’offre de soin personnalisée des patients atteints de cancer grâce à l’analyse multimodale de leurs données de santé centrée autour des données génomiques ainsi qu’une approche décisionnelle collaborative qui fédère tous les acteurs de l’équipe de soins.

Paris,  4 Novembre 2021, le CGS CCConcorde* et SeqOne Genomics annoncent le lancement d’un partenariat pour optimiser l’utilisation de la génomique et des dernières informations scientifiques et médicales dans le parcours de soin des patients grâce à une approche collaborative autour de la médecine de précision..

Le partenariat vise à mieux personnaliser la prévention et les traitements en travaillant sur trois axes :

  • Mieux valoriser les données génomiques pour alimenter le processus de personnalisation de terme de prévention ou de choix thérapeutique en fonction des spécificités de chaque patient,
  • Développer un outil qui facilite une approche décisionnelle collaborative impliquant tous les acteurs de l’équipe médical
  • Fournir dans un seul outil interactif, l’ensemble des données nécessaire à chaque acteur de l’équipe médicale pour prendre leur décision en temps

Aide à la décision thérapeutique grâce à une meilleure information et outils de collaboration

La collaboration se focalisera sur la « Réunion de concertation Pluridisciplinaire (RCP) moléculaire des 3C durant lequel, les dossiers des patients sont étudiés avec l’objectif de personnaliser la prise en charge des patients tant au niveau de la prévention grâce à l’analyse des dossiers en oncogénétique (chirurgie prophylactique etc.) que du traitement à proposer grâce au profilage moléculaire des tumeurs.  A travers le partenariat, SeqOne mettra à disposition de l’équipe médicale un logiciel facilitant le choix des analyses, l’évaluation et le partage des données génomiques et cliniques pour optimiser leur interprétation et leur utilisation fournissant ainsi des données utiles et détaillées à l’équipe médicale pour prendre leur décision.

« Avec la multiplication des traitements disponibles et leurs interactions, la multiplicité des données biologiques et médicales, il est capital d’avoir une approche collaborative et d’accéder à des informations analysées en « temps réel » sur l’importance des variants détectés dans les gènes impliqués dans la prédisposition ou le choix thérapeutique. Nous devons nous assurer que les tests réalisés et les outils utilisés pour analyser les données sont adaptés à la question que se pose l’équipe médicale pour son patient. Nous devons pouvoir nous appuyer sur des solutions logicielles performantes et fiables, basées sur les dernières avancées et connaissances scientifiques, biologiques et médicales associées à une intelligence artificielle forte. Enfin pour la partie thérapeutique qui offre aujourd’hui des développements déterminants pour mieux traiter les malades grâce à la génomique, l’analyse des données et des traitements ciblés en regard sera grandement facilitée par cette interaction qui repose sur un tryptique clinique – génomique – intelligence artificielle »

Pr. Pascal. Pujol – Oncogénéticien en charge de la RCP Moléculaire et Médecine Personnalisée des 3C.

« Nous sommes heureux de collaborer avec SeqOne dont les capacités d’analyses facilitent les prises de décision. Son expertise répond à notre vision d’une approche concertée et éclairée entre professionnels de santé pour garantir la meilleure prise en charge possible de chaque patient»

Emile Dinet, Administrateur du GCS.

« L’intégration de l’intelligence artificielle en génomique – qui est le cœur de notre métier- sera une percée majeure pour la médecine personnalisée et la recherche clinique. Nous sommes ravis de travailler avec les spécialistes des 3C parce que nous partageons la même vision sur l’intérêt d’une mutualisation des expertises et sur l’importance d’apporter le meilleur traitement au patient »

Nicolas Philippe, CEO de SeqOne Genomics

À propos du CGS CCConcorde

Selon la Mesure 32 du Plan Cancer 1 (2003-2007) et définis par un cadre spécifique dans la circulaire du 25 septembre de 2007, tous les établissements autorisés à prendre en charge des patients atteints de cancer doivent être rattachés à une cellule qualité opérationnelle appelée Centre de Coordination en Cancérologie (3C).

Le CGS CCCONCORDE est un Centre de Coordination en Cancérologie créé par des établissements de santé et des opérateurs de soins qui concourent à la prise en charge des patients atteints d’affection cancéreuse dans l’ouest parisien, dont les membres sont actuellement : l’Institut de Radiothérapie H. Hartmann, l’Hôpital Franco-Britannique, les Centres Médicaux Chirurgicaux Ambroise Paré Pierre Cherest Hartmann, la Clinique Internationale du Parc Monceau, la Clinique Turin, la Clinique de l’Alma, la Clinique Paris Bercy, la Clinique du Pont de Sèvres, le centre hospitalier Rives de Seine, la Clinique du Louvre, la Clinique du Trocadéro ainsi que l’Institut Rafael

Le Centre est un outil commun disposant de moyens mutualisés pour effectuer notamment les missions suivantes :

  1. Déployer une démarche assurance qualité, notamment par la mise à disposition des référentiels : S.O.R (Standards, Options & Recommandations), protocoles divers ;
  2. Définir et mettre en œuvre des actions et des processus de mesure et de suivi de l’application de ces référentiels ;
  3. Renforcer et faciliter la pratique médicale pluridisciplinaire, notamment au moyen de l’évaluation du fonctionnement des Réunions de Concertation Pluridisciplinaire  et de l’amélioration de leur organisation ;
  4. Rendre lisible pour les patients l’organisation interne de la cancérologie sur le territoire ;
  5. Tracer les pratiques en particulier sous l’angle du suivi du parcours du patient ;
  6. Promouvoir et faciliter la recherche clinique au moyen, notamment, de la mise en œuvre d’un Centre de Recherche Clinique.

À propos de SeqOne :

Fondée en 2017, SeqOne – société de bio-informatique spécialisée en analyse de données et en Intelligence artificielle -favorise l’adoption de la génomique dans la prise en charge des patients et accélère la lutte contre le cancer, les maladies rares et héréditaires.

La plateforme d’analyse SeqOne – hébergée sur le cloud et répondant à toutes les exigences réglementaires notamment en termes de traitement des données – a été conçue pour répondre aux besoins des utilisateurs en routine clinique en permettant la détection de toutes les mutations/événements génétiques pertinents au diagnostic et à la prise en charge des patients avec une grande fiabilité même pour les événements rares et ce, à partir du séquençage d’ADN ou ARN.

Depuis le lancement de sa plate-forme, SeqOne est le partenaire de nombreux établissements de santé et de laboratoires du secteur privé. Elle a par ailleurs remporté de nombreux prix, dont le prestigieux prix iLab et le prix Hélène Stark de l’ARC Cancer Foundation.

Au sujet de la plate-forme bioinformatique de SeqOne somatique

SeqOne  a développé une plateforme permettant l’analyse de tous types de tests génomiques nécessaires à la prise en charge des patients : du test de prédisposition au cancer à l’analyse de petits ou grands panels pour guider le choix thérapeutique.

La société SeqOne– qui était focalisée jusqu’à récemment sur l’analyse des données NGS pour les maladies constitutionnelles- a annoncé récemment le déploiement d’un nouveau module d’analyse somatique. Ce module a pour objectif de faciliter l’analyse et l’interprétation des données NGS du petit panel au panel large (type TruSight Oncology 500) permettant le profilage moléculaire complet des tumeurs. Grâce à l’intelligence artificielle (ou machine learning), l’outil fournit les recommandations thérapeutiques et la géolocalisation des essais cliniques selon le profilage moléculaire de la tumeur du patient. Grâce à l’utilisation des données biologiques, cliniques et thérapeutiques les plus récentes, un système d’alerte permet d’indiquer au clinicien toutes évolutions d’un variant génomique retrouvé dans la tumeur d’un de ses patients (changement de classification, nouvelle connaissance sur VUS, nouvelle thérapie ciblé disponibles… » . A terme, l’objectif de la société SeqOne est de proposer – via ses partenaires – une solution globale somatique adaptée à chaque question.

3C press contact : contact@ccconcorde.org

SeqOne Genomics contact : Marie Dehem marie.dehem@seqone.com

NewCap contact : Juliette Milleret – jmilleret@newcap.fr

SFMPP 2021

SeqOne participe au congrès annuel organisé par la SFMPP – Société Française de Médecine Prédictive et Personnalisée qui aura lieu du 29 Septembre au 1er Octobre 2021 à l’Institut des Cordeliers à Paris.

Pour cette édition, SeqOne organise un déjeuner-débat le Jeudi 30 Septembre à 12h45 sur le thème “RCP moléculaire : comment intégrer les données génomiques et l’IA dans le parcours de soin des patients”

Le Dr Benoist Chibaudel, Oncologue médical à l’Hôpital Franco-Britannique et le Dr Daniel Toledano, Généticien à l’Institut Rafaël et à l’Institut Français du Sein partageront leurs expériences sur l’utilisation du profilage moléculaire pour mieux personnaliser les traitements et la prévention

Ce retour d’expérience sera suivi d’un débat animé par le Dr Cyril Sarrauste de Menthiere autour de l’importance de l’interprétation des données et de leur partage, la place de l’IA avec un éclairage juridique sur l’accès et l’utilisation des données génomiques.

Participeront à ce débat : le Dr Jérémie Mortreux (Biomnis), le Dr Etienne Muller (Cerba), Me Carole Henry (Phase 4 avocat), Leslie (utilisatrice de Mon Réseau Cancer Poumon) et le Dr Philippe (SeqOne).

Retrouvez nous également sur notre stand 4 et venez partager un moment de convivialité le mercredi 29 Septembre à 19h autour de notre cocktail de Bienvenue.